תשובה:

כידוע אין איסור יחוד עם האחות, כל עוד שזה לא בקביעות. ולכן, כשההורים נוסעים מהבית לזמן קצר (פחות משלושים יום) מותר להישאר שם אח ואחות לבד. ואם כן, בשאלה שלך, אין בעיה מצד אחותך. אלא שיש לדון לגבי השותפה.
אסור לאדם אחד להתייחד עם שתי נשים. אבל כשנמצא שם "שומר" שמציל מייחוד, זה מותר. ויש לדון אם האחות, שאין בה איסור יחוד בעצמה, נחשבת כ"שומרת" לגבי האח. בזה נחלקו הפוסקים – יש שמתירים מפני שאדם מתבייש לעשות עברות לפני האחות (ע' אגרות משה אה"ע ד, סה, ח), ויש שאוסרים מפני שסוברים שהאחות תחפה על החטא של אחיה ח"ו, ולא תרצה לגלותו, ולכן האח לא יפחד מלעבור עבירה גם בידיעתה (דעת החיד"א ועוד, עיין ציץ אליעזר ח"ו, מ,יד).
בנוסף לספק הזה, יש להוסיף עוד ספק, לגבי יחוד בלילה. אומנם ביום מספיק שומר אחד, אבל בלילה צריך שני שומרים – אלא שדין זה נאמר על שומרים רגילים, כמו ילדים, שאינם מקפידים על עצם העבירה, ורק נחשבים לשומרים משום שהאדם מפחד פן יתגלה חטאו, או מתבייש לפניהם. אבל בשומר שמקפיד על עצם העבירה, כמו אישה ששומרת את בעלה, מספיק שומר אחד גם בלילה. (ולכן מותר לאורח לישון אצל זוג נשואים, מפני שבן הזוג נחשב לשומר שמועיל גם בלילה). ויש מקום לדון לגבי אחות, אפילו למתירים לעיל, אם בלילה צריך עוד שומר. (עיין ב"תורת היחוד" בהוצאה של "אוצר הפוסקים" פ"ח, כה) [והרוצה ללמוד הלכות יחוד מומלץ לו ספר זה, המסכם בדרך ברורה וקלה את כל הלכות יחוד].
ולכן, נראה להלכה שיש להחמיר במקרה שלך, שהרי יש שני ספקות לחומרא. ובשעת דחק גדול, אפשר להתיר, במיוחד אם נמצא עוד צדדי היתר לצרף – כמו אם היה שם עוד אישה, שהם ביחד ג' נשים (למרות שבלי האחות אסור לאיש אחת להתייחד בלילה עם ג' נשים); או אם יתן את מפתח הדירה לשכן ויבקש ממנו להיכנס מפעם לפעם באופן פתאומי. מכל מקום, מפני שדיני יחוד תלויים בהרבה פרטים קטנים, פנה לרב לברר כל מצב בפני עצמו.

לעוד שאלות של הרב ספרלינג